由于基本面分析与技术分析可以说是两种截然不同的分析方法，两者存在着很大区别。股票基本面分析的目的是为了判断股票现行股价的价位是否合理，并描绘出它长远的发展空间；而股票技术分析主要是预测短期内股价涨跌的趋势。
通过基本面分析我们解决的问题是大的方向性把握，比如行业，比如具体的公司；而技术分析则让我们把握买卖的时机。在时间上，技术分析法注重短期分析，在预测旧趋势结束和新趋势开始方面优于基本面分析法，但在预测较长期趋势方面则不如后者。基本面分析与技术分析都是既有优点又有缺点。
基本面分析的优点在于：
1)信息数据的稳定性。基本面分析几乎涉及涵盖整个国民经济的宏观与微观层面，且其资料搜集相对容易。只要杜绝小道消息和传言，从正规渠道获取信息就有利于信息数据的搜集传播，也有利于数据的长期保存和去粗取精与加工整理，从而清晰地反映出规律性的东西，分析结果也就更具有说服力和科学性。
2)资料分析的综合性。所谓综合性，是指不偏离某一领域的数据，不放过其他看似平淡却对市场产生长久温和影响的因素，以促成某种程度均衡的合力。这种结果必然有着相对的稳定性和较明确的倾向，它显示出价格最终回归于价值的趋势，这也是信息综合处理的效果，也是基本面分析特有的效应。人们只有严格按要求搜集信息，认真分析，才能获得相对全面有效的结论以指导投资实践。
基本面分析也有局限性，表现在：
1)信息成本相对较高。信息搜集难度不高，但是其获取、整理、归类和分析的成本不低。投资者为获得第一手资料的长途跋涉，对大量无用、虚假甚至有害的信息的剔除，还有信息使用的边际效应的递减都会提高信息的成本。
2)信息的时滞效应。人们通过各种渠道汇集信息，不管是第一手数据，还是间接的第二手数据，都要进行筛选、整理和加工，这都需要时间，即“内部时滞效应”，其长短由分析人员的数量、素质和分析方法的不同相应变化，这种内部时滞效应越小越好，投资者收到的效果也越大。从采用分析结果到投资获利，又称外部时滞效应，其长短受众多不确定因素的制约，投资者是无法加以改变的。这两种时滞综合起来会影响投资者人市的时间和投资的效果。
3)对投资者素质要求较高。基本面分析要求分析人员具有较高的文化素养和对政治、经济的全面关心和了解，并掌握相当的基础理论知识和社会经验，这就使得相当部分投资者无法对所有公开信息进行有效的分析。技术分析也有其优点和缺陷。一方面它具备全面、直接、准确、可操作性强、适用范围广等显著特点。