三甲医院报销的起付线为800元，一般起付线800元至5000元的部分按80%报销，5000元至10000元的部分按85%报销，10000元以上至最高支付限额的部分按90%报销，退休人员则在上述报销比例的基础上再提高5%，具体需要以当地规定的实际报销比例为准。
另外如果是恶性肿瘤患者，在一个医疗年度内多次因放、化疗发生的医疗费用，只扣一次起付线，另外根据医院等级的不同，报销比例也会有所差异，医院等级越高，报销的分段也就越多，但是报销的比例也会相应降低。
三甲医院申报考核的主要项目包括医疗服务与管理、医疗质量与安全、技术水平与效率。内地民营医院也可以参与医疗等级评定。三级（病床数在501张以上）是向所在地区以及周边辐射区域提供高水平医疗卫生服务和执行高等教育、科研任务的区域性以上医院。甲等是按评分标准获得超过900分为甲等。