证券交易所的组织形式有两种，一种是会员制，一种是公司制。
会员制证券交易所是不以营利为目的的法人。证券交易所的会员由证券公司等证券商组成，只有取得证券交易所会员资格之后，证券商才能在证券交易所参加交易。会员制证券交易所强调自治自律，自我管理，会员向证券交易所承担的责任仅以缴纳会费为限。
由于会员制证券交易所不以营利为目的，因此收取的费用较低，证券商和投资者的负担相应地也较轻。在发生交易纠纷时，证券交易所不负赔偿责任，由会员和买卖双方自己解决。
公司制证券交易所是由银行、证券公司等作为股东组成，其组织结构和有关的权利义务等法律关系均以公司法的规定为准。公司制证券交易所以营利为目的，证券商的负担较重，而且因其主要收入来自成交额佣金，为增加证券交易所自身的利益可能会人为制造证券投机行为，或者推波助澜，扰乱证券市场。