一、HMMER安装教程
1、下载HMMER压缩包
wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz
2、解压HMMER压缩包
tar xzf hmmer.tar.gz cd hmmer-3.3.2/
3、配置，编译和安装HMMER
./configure && make && make check && sudo make install
二、HMMER怎么安装
在安装HMMER之前，请确保已经正确安装好了gcc和g++编译环境，并且安装了zlib库。否则，将无法编译HMMER。
三、安装hmscore
1、下载并解压缩hmscore压缩包
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/hmmer/releases/HMIS2/hmscore-3.0.tar.gz tar xzf hmscore-3.0.tar.gz cd hmscore-3.0/
2、安装pcre2库
sudo apt-get install libpcre2-dev
3、配置，编译和安装hmscore
./configure && make && sudo make install
四、HMMER和hmscore的使用示例
1、在命令终端中检查HMMER是否正确安装
hmmscan -h
2、在命令终端中检查hmscore是否正确安装
hmscore -h
3、使用HMMER和hmscore进行蛋白质序列分析
以分析真核生物序列为例：
a. 下载Pfam数据库
wget http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam32.0/Pfam-A.hmm.gz gunzip Pfam-A.hmm.gz
b. 使用HMMER扫描蛋白质序列
hmmscan --cpu 4 Pfam-A.hmm protein.fasta > protein.out
c. 使用hmscore计算蛋白质结构模型的准确度
hmscore protein.pdb protein.out