这个方法其实很简单，IE浏览器拥有记忆保存的功能，如果要将缩放比例设置为125%的话，可以先将所有的IE窗口全部关闭，接着再重新打开一个IE浏览器窗口并设置为125%，然后再将这个IE窗口关闭，你在打开IE浏览器试试看，IE是不是已经默认为125%的缩放大小。
要是你经过上面的操作以后，问题依然存在，请重置IE并进行干净启动的操作，来排除IE设置与其他软件带来的干扰。
关于重置IE的具体步骤可以查看下面的链接：
http://www.iefans.net/ie9-liulan-qqxiangce/#comment-6092
关于干净启动的操作，请查看下面的链接。
http://social.answers.microsoft.com/Forums/zh-CN/vistaperformancezhcn/thread/424b4486-464c-4169-979c-db4d80f6abab/
如果以上操作之后问题依然存在，那么很有可能是相关注册表键值的权限被修改，导致设置无法被保存。
请新建一个有管理员权限的用户账户，确认在新账户中是否正常。