1.次级键除了典型的增强键(共价键、离子键和金属键)外，它是各种依赖于氢键、弱共价键和范德华力(即分子间力)的分子内和分子间力的总称。
2. 疏水键。疏水键是多肽链上某些氨基酸的疏水基团或疏水侧链(非极性侧链)，由于避水而相互靠近并附着在一起。它在维持蛋白质的三级结构中起着突出的作用。
3.离子键。指阴离子和阳离子之间因静电作用而形成的化学键。离子键属于化学键。大多数盐类，碱金属或碱土金属形成的键，以及活性金属氧化物都有离子键。含有离子键的化合物称为离子化合物。离子键与物体的熔点和硬度有关。
4. 氢键。氢原子与电负性高的原子x成共价键。当它靠近电负性大、半径小的原子y时，会发生特殊的分子间或分子内相互作用，以X-H…Y以氢为介质在X和Y之间生成，称为氢键。