NTSYS是一个聚类分析的软件，可以用来分析RFLP，RAPD等电泳带型，也可用于微生物群落多样性的相似性分析。下面简单介绍一下其用法：
1.先建立一个0，1构成的矩阵：在excel中，按如下规则输入数据，A1=1表示有带记为1，B1=9表示RFLP有9个带型， C1=35表示样本数，D1=0表示无带记为0。第二行表示的是样本名称。从第三行开始的A列表示带型名称。
2. 打开NTSYS-PC程序，点击similarity
再点击Qualitative data
点击input file，打开刚才生成的excel矩阵文件，点击out file起一个文件名（假设叫111），然后点击compute按钮。文件111是一个相似度表。
3. 继续点击clustering，
再点SHAN，
点击input file，打开文件刚才保存的文件111，点击out file起一个文件名（假设叫222），把In case of ties改为Find，然后点击compute按钮。计算完成！
4. 然后点Graphics, 再点tree plot，
点击input file，打开文件222，然后点击compute按钮