(网易云教室、腾讯教室的生物信息讲师、 高级生物信息技术人员(pheatmap概述： pretty heatmaps 3354 implementationofheatmapsthatoffersmorecontroloverdimensiondappearance.library ) 矩阵test=矩阵(rnorm (200，20，10 ) test[1:10，seq ) 1、10、2 ]=创建test[1:10，seq ) 1、10、222 10，2 ) ]=test[15:20，seq ) 2，10， 2 sep=“”(rownames (test )=paste )、1:20、sep=“”(pheatmap函数绘制热图) )默认参数中的所有矩阵也可以通过设置treeheight_row=0、treeheight_col=0来不显示dendrogram。 (标准化参数为scale，可选为“none”、“row”、“column”。 ) ) ) ) )。 如果不想将border设定为NA，当然也可以设定为其他颜色)，legend显示在右上方。 可以将legend=FALSE设置为不显示legend。 可以通过参数color调整热图的颜色；
pheatmap(test，cluster_row=FALSE，legend_breaks=-1:4，legend_labels=c(‘0’，’ 1e-4 ‘，’ 1e-3 1 ‘ ) )可以自己设定图例(可设定的参数display_numbers将数值显示在热图的格子中。 可以使用number_format设置数字格式。 一般来说，“%.2f”(保留小数点后两位)、“%.1e”)用科学计数法保留小数点
pheatmap(test，display_numbers=TRUE，number_format=’#’%.2f ‘，number_color=’purple ‘ ) (%.2f ‘是小数点display_numbers=true，number_format=’\%.1e”) Pheatmap ) test，
#pheatmap参数的设置会改变每个网格的大小
pheatmap(test，cellwidth=15，cellheight=12，main=’Example heatmap ‘，fontsize=8，filename=’test.pdf ‘ ) ) filename直接存储热量图，支持png、pdf、tiff、bmp和jpeg格式，并允许您在width和height中设置图像的大小。 #pheatmap还可以显示支持多个分组的行或列的分组信息。 annotation _ col=data.frame (cell type=factor (rep (c )、(CT2 )、5 ) )、Time=1:5 ) rownames ) annnotation sep=’ ‘ ) annotation _ row=data.frame (gene class=factor (rep ) c ) path1(，Path2)，Path3)，c ) 10，4 13333:0
#设置各组的颜色ann_colors=list(time=c(white，) firebrick )，#连续数值类型组设置渐变celltype=c ) CT1=’#1b ) 9e77 Path2=’#E7298A ‘，Path3=’#66A61E ‘ ) pheatmap ) test，annotation_col=anagent
#pheatmap还可以基于特定条件分离热图；
# cutree_rows，cutree_cols :根据矩阵簇数划分热图；
pheatmap(test，cutree_rows=3，cutree_cols=2) ) ) ) ) ) ) ) ) ) ) )。
您也可以自己设置每个组的颜色ann_colors=list(time=c ) white，(firebrick ) )。 #连续数值类型组可以设置为渐变celltype=c ) CT1=’#1b9e77，ct2=gene class=c (path1=’ # 7570 B3 ‘，Path2=’#E7298A ‘，e 7298 ) annotation _ col=an agent annotation _ row=annotation _ row，annotation_colors=ann_colors ) #是gaps_row，row