《消灭病毒》是一款躲避射击型游戏，游戏的操作难度并不大，使用武器，触碰屏幕就能发射出子弹，左右拖动方向进行消灭或者躲避病毒。游戏进行中的界面上方是消灭了病毒还剩余的百分比进度条，而左侧显示的是本局获得的金币数量。只要能够通关成功，就可获得此关卡的金币，金币的数量由消灭病毒的多少、关卡难度以及个人操作等方面来决定。游戏界面左下方的图标代表的是玩家的武器，武器升级有两种形式，分别射速和火力，火力和射速等级越高，消灭病毒就越容易。
界面上还有一个金币的图标，代表金币累计的数量，金币也是可以升级的，金币的级别越高，关卡等获得的金币数量也越多。中间有一图标代表的是武器辅助，要想升级它就要先升级武器，辅助武器的等级不能高于武器等级。
各种等级的升级，都需要通过闯关获取金币来升级。在《消灭病毒》中，金币的价值就等同于升级金币的等级，金币等级越高，游戏中获得金币的数量就越多，就可以升级武器或者武器的效果，便于闯难度更大的关卡。