《孤岛惊魂5》游戏与其他剧情游戏不太一样的地方在于，《孤岛惊魂5》的最终boss约瑟夫为“真先知”，游戏中所给出的预言也是真的，主角就是“正义的羔羊”，而阻止约瑟夫的办法就是玩家也就是主角，解开第七封印。
启示录审判日以全球核战的方式进行，而约瑟夫所经历的故事线为拯救全人类、阻碍启示录也就是阻碍玩家，所以故事中，即使知道启示录审判日必然要发生，boss约瑟夫一直为阻止玩家、阻止启示录审判日的发生而努力。严格来说，约瑟夫并不是传统意义上的反派，只是和主角的任务不同，他想要避免启示录审判日的发生来拯救全人类，而主角是要带领全人类走向审判日之后的全新世界。
也是因此，《孤岛惊魂5》游戏有2个结局：启示录审判日进行或者不进行。如果玩家选择放开约瑟夫或者最后选择挽救朋友性命而离开，那么启示录审判日就会中断，人类避免了全球核战的危机。如果玩家选择作为主角带领人类反抗，启示录审判日照常进行，全球核战爆发。
玩家可以根据以上剧情自由选择最终攻略结局。