PS :请不要问任何关于这个包的事情。 请直接联系y先生。 我两年前只用过一次,再也没用过。
一:下载并安装此r包
clusterProfiler是业界知名的YGC编写的r包,非常简单易懂,使用方便,可以通过cuffdiff等寻找差异的软件找到的差异基因entrezID号直接制作出富集的全部内容;
Bioconductor网站上有其介绍,按上述方式安装即可
source http://bio conductor.org/bioclite.r ); bioclite 集群配置文件) )。
二.输入数据
diff_gene.entrez文件是通过各种差异基因软件找到的差异基因的entrezID号列表,每个ID号一行,数百个差异基因数百行
三. r语言代码
setwd c :\\ users\\ administrator\\ desktop\ref ‘ )
a=read.tablediff_gene.entrez )。
是请求dose )
require 集群配置文件程序)
gene=as.Charactera[,1] ) ) ) ) ) ) ) )。
ego
ekk
write.CSV 摘要ekk )、’ KEGG-enrich.csv )、row.names=F ) ) ) ) ) )。
write.CSV 摘要ego )、’ GO-enrich.csv )、row.names=F ) )。
四.输出文件解读
r懂语言的人都懂,这段代码输出了两个文件KEGG-enrich.csv和GO-enrich.csv,是我们GO和KEGG积累丰富的结果,内容如下
上表为差异基因GeneOntology富集分析结果表。
GOID:GeneOntology数据库中的唯一标签信息
说明: gene ontology功能的说明信息
GeneRatio :差异基因中,与该Term相关基因数与差异基因总数之比
在BgRation 所有) bg )基因中,与该Term相关基因数与所有bg )基因之比
pvalue:富集分析统计学显著水平,一般P-value
p.adjust矫正后的P-Value
q值)统计验证p值的q值
计数:差异基因中与该Term相关的基因的数量
上表为差异基因KEGGPathway富集分析结果表。
ID:KEGG数据库中路径的唯一编号信息。
说明: gene ontology功能的说明信息
GeneRatio :差异基因中,与该Term相关基因数与差异基因总数之比
在BgRation 所有) bg )基因中,与该ID相关基因数与所有bg )基因之比
pvalue:富集分析统计学显著水平,一般P-value
p.adjust矫正后的P-Value
q值)统计验证p值的q值
计数:差异基因中与该Term相关的基因的数量