仙剑四的剧情是发生在南北朝的梁武帝时期，当时玄霄，云天青以及夙玉加入了琼华派，随后琼华派的双剑铸成，玄霄和夙玉开始了修炼双剑。
在此之后，琼华派用双剑网缚了环暝妖界，开始了人妖之间的大战。琼华派的掌门在这场战斗之中因为轻敌身亡，云天青救下了柳梦璃，然后交给了寿阳的柳世封来抚养。之后夙玉和云天青携带望舒剑脱离了琼华派到青鸾峰隐居。夙玉也在生下了云天河之后过世，随后玄霄因为走火入魔被冰封，接着夙遥当上了琼华派掌门。
云天河成年以后在石沉溪洞这个地方遇到了韩菱纱，然后随它下山。下山之后遇到了梦璃，然后跟它一起上了昆仑山加入了琼华派，在这个过程中还认识了慕容紫英。随后，玄霄骗取了望舒剑，然后与夙遥一起将幻暝界再次网缚，想要升仙，却被天界之上的九天玄女打落东海，随后玄霄入魔。柳梦璃回到了幻暝界，云天河使用后羿射日弓射落了琼华派，同时它自己也双目失明。在这期间，慕容紫英在不周山收复了魔剑，然后落入蜀山派，被所在镇妖塔中。
百年之后，韩菱纱已经死去，慕容紫英也定居在了剑冢内，此时柳梦璃从幻暝界回到了人间，再次见到了云天河，但是云天河却已经再也无法看见。