低聚果糖是一种短链的多聚果糖，属于水溶性膳食纤维，广泛存在于自然界中，如梨、蜂蜜、酵母、香葱、香蕉、黑麦、燕麦、雪莲果等，尤其在洋葱、牛蒡、大蒜和小麦中含量较高。
由于人体胃肠道内没有水解这种低聚糖的酶系统，因此它不易被胃肠消化吸收而直接进人大肠内，优先为双歧杆菌所利用，有利于双歧杆菌的增殖，发挥对肠道菌群有效的调节作用，能抑制有害细菌如沙门氏菌、大肠杆菌、梭状芽孢杆菌等的生长，减少有毒物质如内毒素、氨类等)的生成，有助于肠道健康。还能促进从肠道吸收钠盐和水，有助于控制腹泻，有助于控制抗生素相关腹泻和艰难梭菌相关性腹泻。
除此之外，低聚果糖对人体还有很多好处：
1、可辅助降低血糖：低聚果糖有利于促进降糖药物对血糖的控制作用，提高患者的血清白蛋白、前白蛋白水平，并且不会增加患者营养不良发生率，改善患者营养状况，从而促进糖尿病患者生活质量的提高。而且低聚果糖不被胃肠道吸收，故其热能值低，对糖尿病患者来说也是一种良好的甜味剂。
2、有防龋齿作用。由于其不能被口腔细菌（指突变链球菌）利用而生成不溶性葡聚糖，不会为口腔微生物沉积、产酸、腐蚀提供场所，因此对防龋齿很有益处。
3、可降低血清中胆固醇和甘油三酯的含量。有研究结果表明，低聚果糖可以影响脂类吸收、代谢，主要是通过增加含低聚果糖较高的蔬果等食物的摄入，从而减少胃肠道对脂类的吸收，因此对预防高脂血症有积极作用。
4、促进营养的吸收，尤其是钙的吸收。低聚果糖在大肠内被细菌发酵生成短链有机酸，可以溶解钙、镁、铁等矿物质，促进人体对矿物质的吸收。有实验证实，低聚果糖促进钙的吸收率达70.8%。因此，低聚果糖可以促进生长发育和防止骨质疏松症。
5、防治便秘：低聚果糖作为水溶性膳食纤维在肠道内呈溶液状态，有较好的持水力，且易被肠道菌群发酵后产生短链有机酸，降低肠道pH值，刺激肠黏膜，促进肠蠕动，起到润肠通便、改善粪便性状、预防和减轻便秘的作用。
除了在药物中添加，在婴幼儿奶粉中也会加入，以维护胃肠道健康和营养摄取。