利用ovito来计算MSD

1.python script:

import numpy

def modifyframe, data):
# Access the per-particle displacement magnitudes computed by the
# ‘Displacement Vectors’ modifier preceding this user-defined modifier in the
# data pipeline:
displacement_magnitudes = data.particles[‘Displacement Magnitude’]

# Compute MSD:
msd = numpy.sumdisplacement_magnitudes ** 2) / lendisplacement_magnitudes)

# Output value as a global attribute to make it available within OVITO:
data.attributes[“MSD”] = msd

2.ovito中的操作

(1)打开unwrap trajectories  ,目的是不考虑周期性原子,计算会才会准。

(2)打开以下的功能,运行后,再选择“File”——“export file”,导出数据。

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风君子

独自遨游何稽首 揭天掀地慰生平

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