vcftools如何去除或保留vcf文件中的样品

小编给大家分享一下vcftools如何去除或保留vcf文件中的样品,相信大部分人都还不怎么了解,因此分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后大有收获,下面让我们一起去了解一下吧!

vcftools去除或保留vcf文件中的样品

vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品,用到的选项为 –indv 和 –remove-indv  ,指定要从vcf文件中保留或删除的样品。 可以多次使用此选项来指定多个样品。

具体用法如下:

只保留1和10号两个样品,执行以下代码:

vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout  --indv  1 --indv  10  > out.vcf

删除1号样品,执行以下代码:

vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout  --remove-indv  1  > out.vcf

如果样品较多,也可将样品保存到文件 id.txt 中,每行为一个样品ID,格式如下:

1
105

然后使用下面两个选项对vcf文件保留或者删除样品。

–keep <filename>   保留样品
–remove <filename>   删除样品

代码如下:

vcftools --vcf in.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout  --keep id.txt   > out.vcf

Published by

风君子

独自遨游何稽首 揭天掀地慰生平

发表回复

您的电子邮箱地址不会被公开。 必填项已用 * 标注