1、交易规则不同：ETF基金实行t＋1交易，按照市场实时价格进行成交，遵循价格优先、时间优先的原则，交易数量为100份及其整数倍，涨跌幅限制为10%；股票实行T+1交易，沪深两市股票涨跌幅限制为10%，创业板和科创板股票涨跌幅限制为20%，沪市、深市和创业板每一申购单位为100股及其整数倍，科创板每一申购单位为200股，以1股进行递增。
2、交易手续费不同：etf基金交易只收取佣金费用，佣金不会超过成交金额的千分之3，单笔最低5元（部分证券公司以实际交易金额计算，没有最低5元的标准）；股票交易手续费包括佣金、印花税、过户费，佣金不会超过成交金额的千分之3，单笔最低5元，印花税是卖出时收取成交金额的千分之1，过户费是成交金额的万分之0.2。
3、交易方式不同：ETF基金既可以向基金公司申购或赎回，又可以像封闭式基金一样在证券交易所交易；而股票只能在证券交易所交易。