00开头的股票和60开头的股票其区别在于：
1、00开头的股票是深交所主板上市的股票；而60开头的股票是上交所主板上市的股票。
2、上交所60开头的股票上市首日，盘中成交价较前收盘价首次上涨或下跌达到或超过20%的，临时停牌时间为30分；而深交所的股票上市首日不设置临停制度。
3、持有00开头的股票可以申购深交所的新股，如果开通创业板权限，还可以申购创业板的新股；持有60开头的股票可以申购上交所主板上市的新股，如果开通科创板权限，还可以申购科创板的新股。申购新股时：沪市 1000股=1个配号、科创板500股=1个配号、深市 500股=1个配号。
以上是二者交易规则上的不同，二者还有上市要求不同，一般上交所上市更为严格。