第一章 逃脱
当瑞德醒来后，发现自己趟在医院的病床上，直觉告诉他要赶快离开，但是首要的任务就是先找到另外3个同伴。来到门边发现大门紧闭，于是转身来到大门旁的电子仪器前，发现的地上有个蓝色的小点。站在附近，系统就会出现一个提示，点击小键盘5（游戏默认设置，玩家可以根据自己需要自行改动）后就能将门打开。出房间按照这种方法在打开第二扇电子门时，旁边突然出现一个机器守卫，将其打倒后就能进入其它房间，而其它房间里同样也会出现许多的机器守卫。打打停停终于来到医院的资料室，室中电脑大屏幕上显示的正是自己妻子苏的身体资料。
这时场景转换到杰尼这边，当发现自己身体的异状后，杰尼的想法与瑞德相同，但是房间外的机器守卫却非常多，同时在电子门的通道之间还开着电子防护网。打开防护网的方法很简单，与开门方法相同。这时苏也醒了过来，感觉到身体不同平常的同时也听到不远处的打斗声，因此决定出去看看。但是门外的机器守卫可不答应，轻松解决掉它们后，在一个房间中找到了自己的丈夫瑞德。两人简单问候之后继续寻找其它同伴，可是在通过一扇电子防护门时遇到了点小麻烦，门边开门的仪器不能使用。但是这难不倒苏，给瑞德加上一个能量护盾，后者就能轻松通过。
通过几个房间后就会找到苏的弟弟火焰侠杰尼，姐弟见面自然十分高兴。简单了解一下彼此的情况后，三人继续出发寻找最后一名同伴——本。在一个电子防护网后面的大门内传出砸门的声音，苏大声呼叫本的名字，果然本就在里面。但是本确告诉门外的三人不要进去，说完后自己还将房间的窗户给强行撞开，并且跳楼跑了。
第二章 本的迷惑
跑到一条大街上的本，内心充满着恐惧与迷茫，原来拥有了超能力后的他，外貌变的十分丑陋，全身皮肤有如石头般坚硬，而且还有满身的皱纹，而这就是他不愿与同伴见面的原因。但是没跑多远的本却被大街上那些地痞流氓拦住，双方一语不合就打了起来。原本脾气就十分火爆的本，现在更是暴跳如雷，那些小喽啰自然不是本的对手。轻松解决敌人之后，穿过几个街区，就会来到一个小屋前。屋里突然出现一个身强力壮的大个子，嘴里说本打伤了他的小弟，他要找本报仇。本当然不会怕他，两人废话了几句后就开始动手。
打倒大个子后，本继续前进，来到了一个似乎是酒馆的建筑物前面。酒馆里面的地痞流氓知道有人来抢自己地盘，纷纷从里面冲出，有的甚至在里面向本扔酒瓶。酒馆里会不断有人冲出来，本再强悍也感到了厌烦，所以干脆将酒馆一起拆掉了事。拆酒馆的方法就是将门口的4根柱子打断即可。之后穿过废墟，又来到一个街区，这时另一个小BOSS出现，同样也是个大个子。此处战斗时需注意旁边的那些地痞流氓，被围住后虽然没有大碍，但是也只能被动挨打，所以最好多使用技能合组合拳。将讨厌的地痞流氓全部清理掉后，本发现自己还救了一名黑人MM，于是上前大献殷勤，却发现MM对他有点害怕，顿时感到十分懊恼。
与此同时瑞德和苏也在本的后面紧紧跟随，通过询问路人两人很快将本的大致方位了解清楚，但是追到本后，本的情绪仍然十分不稳定，在拒绝掉夫妻二人的帮助后，还是不敢面对同伴而再次逃跑。瑞德和苏没有放弃本，继续在本后面紧紧跟随，但是路上的地痞流氓认定瑞德和苏是本的同伴，并对他们二人发起了攻击。摆脱小喽啰的纠缠后，夫妻二人发现与本的距离拉远。本跑到一座大桥上，这时桥上正好发生了交通事故，使命感驱使着本不能袖手旁观，救出几人后，本发现一辆消防车的半个车身已经悬在桥外，就快要坠落桥下。本即时赶到，抓住车尾后想往安全地方拉，但是车身下滑过快……眼见本快支撑不住时，背后瑞德和苏即时出现，一同赶来的还有杰尼，最后4人联手将消防车托了上来。此时本也不再逃避，接受了事实，同时队友间并没有因其外貌的改变而疏远他，也令他倍感欣慰。之后大家重修旧好。
第三章 调查
1.英雄救美
有消息称在地铁站出口处出现未知怪物，在威胁大家安全的同时还抢劫财物。本和瑞德及时出现在现场，发现这起事件的策划者是一位身材矮小的胖子。胖子发现有人前来干扰犯罪，心里十分不爽，在吩咐手下的怪物继续闹事后，自己却先跑了。本和瑞合力干掉怪物后，旁边的一名警官告诉本和瑞德，在地下还有大量的怪物，而且还有一名女乘客被它们劫持。警官帮助二人打开通往地下的大门，让本和瑞来到地下。杀掉所有怪物就可以救处被困的女人质，本发现这名女人质就是在第二章遇到的黑人MM，两人叙旧几句后，本自告奋勇背MM上去。回到地面，本关BOSS也出现在本和瑞德面前。该BOSS全身长有巨大的尖刺，正面攻击对其无效，而它的弱点就在背后的腰部，耗费较多时间最终本和瑞德将其打败。
2.下水道的维修工
解决到BOSS后，瑞德决定与本分开，只身前往地底调查。来到一处下水道时发现，这里有一名维修工人被怪物包围。将他救出后，他告诉瑞德，怪物在附近的洞穴里收集了大量不知名的东西。在干掉两只会钻地的怪物后就能打开通往洞穴的门。来到洞穴后发现之前有过一面之缘的矮胖子也在这里，大家聊了几句后，胖子又跑掉，同时洞内出现大量的怪物。消灭怪物后，之前在地上见到过的BOSS怪物再次出现。打到它之后，就可继续深入洞内。眼看要抓住矮胖子，但是关键时刻被其他的怪物救走。这时正在地面调查的杰尼也发现了怪物的秘密搬运地点，不过他的任务不是杀死怪物而是要将两个搬运口给堵住，玩家只需将搬运口两旁的支撑柱破坏即可完成任务。
3.击倒BOSS怪
由于计划屡次被Fantastic Four破坏，矮胖子恼羞成怒，将一体型庞大的BOSS叫出地底，并在地面上大肆毁坏建筑。瑞德四人闻讯赶到后，与胖子交涉，但是矮胖子根本不与理会，双方随即展开战斗。这次战斗的主角是苏，怪物体积太大所以不能移动，而玩家只需看准时机将BOSS的双手限制住，这样就能慢慢将其消灭，而限制怪物双手的方法，游戏会自动提示玩家。
第四章 神秘的丛林
1.发光的能量球
本在丛林外搜寻一种发光的能量球，无疑中发现有土著人存在，正想上前对话但是土著人被一只巨型蜘蛛吃掉。消灭蜘蛛后，发现一条小道通往丛林深处，进去之后看到了大量的土著人。可是土著人对本充满了敌意，本无奈只好与他们战斗。继续往前走，来到一座吊桥边时发现对面站着一个蒙面人。蒙面人说那些能量球是他要的东西，警告本不要插手。接下来蒙面人身边出现许多土著人，而蒙面人竟然可以命令他们攻击本——这也就能解释为什么土著人会对本动手的原因。本冲过吊桥干掉那些土著人后，发现蒙面人早就消失不见。深入到道路尽头时看到了先他一步的瑞德，两人联手放倒守在一个看似迷宫门口的守卫后，本关也就到此告一段落。而进入迷宫的方法是，先将放置两旁的雕像放在其指定的位置，再使用瑞德的“长手”技能将门两旁石像的双眼打掉，这样即可进入迷宫。
2.迷宫
本和瑞德进入迷宫后就发现守在门口的蒙面人，蒙面人再次警告两人后又消失无踪。两人消灭掉那些留守的土著人后，就会来到一扇奇怪的门前。在门的两旁有三个诡异的圆盘，而这3个圆盘正是打开此门的关键，将三个圆盘同时旋转，如此多试几次就能打开门。此后还有一个地方的门也是用此方法打开。
3.遗迹
穿过迷宫后，就会来到一个古老的遗迹，而这次的行动将由苏来担任。刚进遗迹时就会与一个BOSS发生冲突，该BOSS不会被打死，每次击倒它后，在墙上的圆盘状东西会自动将其复活，所以攻击那个圆盘才是最终的选择。但是圆盘只在复活BOSS时才能攻击，因此得反复击倒BOSS才能将圆盘摧毁。继续深入，苏发现蒙面人的踪迹，这时瑞德也赶来帮忙。在解决掉从墙上复活的遗迹守卫后，接下来的房间里机关重重，但是跳上高台后就可以关闭它们，同时遗迹的最后一道门也将开启。穿过大门之后，就能拿到最后一个能量球。
4.与蒙面人的决斗
最后一个能量球被蒙面人得到，他扬言要想拿到能量球就必须先将他杀死，无奈只好使用武力。不过此时神奇四侠全部到齐，干掉蒙面人也只是时间问题。需要注意的是，蒙面人每隔一段时间就会变身，变身后对所有攻击免疫，此时玩家只能耐心等待其恢复原貌，这样才可攻击。
第五章 博物馆之变
1.重逢
神奇四侠应邀参加一个古埃及时期的文物展览，但是刚到会场就发现有人偷取贵重文物，而小偷却是本认识的那个黑人MM。但是黑人MM的偷盗技术还没到家，很快被保安系统给抓住。就在此时，放置在房间四周的木乃伊忽然复活，纷纷从棺木中跳出袭击人群。询问过保安人员怎样打开那个保安系统后，由本三人留守原地，瑞德上楼到控制室解除保安系统。
2.埃及法老
就在瑞德上下奔波时，本正在楼下清除木乃伊。突然从一扇大门后面杀出一个高大的木乃伊，仔细辨认后发现它居然是埃及法老！就在本一愣神的功夫，埃及法老已经劫持了一名女性往楼上跑去，本来不及多想也跟了过去。一路上摆脱木乃伊们的纠缠，来到法老的房间，与法老展开战斗，将其赶走后，救下那名女性，并安全带去一楼。
3.救火
杰尼在与木乃伊战斗时发现，博物馆不知何时起开始起火。杰尼无心恋战，按着提示前往大楼底层寻找灭火的喷水阀门。打开所有阀门放水灭火后，来到一楼大厅与大家会合。
4.苦战
当大家聚在一起正准备讨论这件事情的来龙去脉时，却发现墙上的法老雕像复活了——显然这是刚刚逃跑的法老在做怪。4人联手经过3轮的恶战终于将雕像击败。
第六章 战争机器
1.遭遇
一天，瑞德与苏正在街上散步，突然在街角出现一个终极机器人，并对夫妻二发动攻击。不明所以的瑞德与苏只能避其锋芒，往几条街区外的本和杰尼所在方向跑去。
2.争斗
不愿做电灯泡的本和杰尼，此时正在离瑞德与苏不远处。不知因为什么关系，两手开始大打出手，但是争斗还没多久双方就停止战斗。原来他们这边也同样遭受到机器人的攻击。同时瑞德与苏的求助信号也响了起来，4人约好集合地点后，开始向集合。虽然街区道路很多，但是能通过的只有一条，所以玩家不用担心会迷路。
3.终极机器人
四人一路上边打其它拦路的机器人，边向集合地点靠拢。当来到目的地时，发现这里有许多警车和装甲车，但是确没看到一个警察和军方人员。就在此时，终极机器人也追了过来，四人只好联手抗击敌人。终极机器人本身攻击免疫，在前期根本不能攻击，但是街边会有人帮助神奇四侠，他们会向终极机器人开枪射击，中枪后终极机器人的“无敌护甲”会短时间消失，玩家要抓紧时间攻击。当终极机器人的HP减少到二分之一时“无敌护甲”就永远消失，可是仍不能正面攻击，其弱点也是在背后。
第七章 监狱暴动
1.营救队友
当终极机器人被消灭后，军方的人恰好出现并将四人以破坏罪名逮捕入狱。四侠自然不会坐以待毙——苏和杰尼被关在一个房间里，苏运用自己的隐身能力帮助杰尼一起逃出房间。来到走廊时发现，监狱里面正在发生暴动，而苏和杰尼的任务就是在消灭机器看守的同时，还要保住那些囚犯的性命。将囚犯引到牢房里，电子栏杆会自动放下并会把囚犯关在里面，这样就可以达到救人的目的。在穿过层层的激光封锁线后，苏和杰尼二人来到道路的尽头，也就是关押本的地方。尽快消灭里面的机器守卫，因为在这里有时间限制，如果动作太慢，游戏就会重新开始。
2.秘密
刚被救出来的本身体还十分虚弱，所以不能参加战斗，所以暂时只能靠瑞德打头阵。不一会儿，本也恢复正常可以参加战斗，但是这时瑞德已经破解了许多电子门。穿过走廊来到了主控制室，在这里瑞德发现了他们被抓到监狱里来的真正目的，那就是将监狱的暴乱分子全部镇压并击毙其领头的人。在往回走的路上，一个个头比本还要高大强壮的人出现，而这人正好是暴乱分子的领头之人，上前轻松将其击毙后就能进入下一关。
3.蝙蝠怪的阻挠
此时苏和杰尼这边的情况十分混乱，由于监狱被暴动分子控制，所以监狱已经自行启动了自爆程序。就在苏和杰尼开始逃命的途中，出现了一个神秘的蝙蝠怪，该怪物会在苏和杰尼的逃脱路线上进行阻挠。但是二人不愧是姐弟，相互配合十分默契，最终还是成功逃到升降梯处与瑞德和本回合。配合的方法十分简单，游戏会给玩家以提示。
4.危险的升降梯
本以为来到升降梯后就会安全，但是瑞德等人发现，这里也同样危险！许多的机器守卫也跟随他们进入升降梯，并对升降梯进行破坏，而瑞德等人只好拼死保护其不受伤害。这时另一只蝙蝠怪出现，试图将四人击毙在升降梯上，可是自身能力有限，最终还是死在神奇四侠的手里。当四人从监狱死里逃生后，军方的人早就等候在外面——原来这一切都是他们安排，他们为了证实神奇四侠是敌是友才将他们安排进监狱里，帮助他们消除暴乱。同时为了再次考验神奇四侠，军方决定松四人去一个神秘的地方，如果能顺利完成任务，作为交换将为四人提供一个消息，四人无奈只好接受。
第八章 奇异的世界
在这个世界里，所有的怪物都是机械构成，两个强力BOSS也十分变态。对付第一个BOSS时，不要与其硬拼，在其施放完技能后一小段时间里会在原地不动，这时看准机会出手，既能有效地减少人物的损失。第二个BOSS是一只机械龙，由于移动速度太快，根本无法靠近攻击。但是每过一段时间后，地面会冒出许多的柱子，机械龙会攀爬在上面。此时玩家就将其攀爬的柱子击毁，让BOSS从上面掉下来，如此多次，就能消灭掉它，而自身却不会有太多的损失。
第九章 宇宙空间站
有消息称一个宇宙空间站发生不明事故，站内设施全部瘫痪。军方要求神奇四侠前去查看，曾是宇航员的他们欣然领命前去。由于空间站内没有重力，所以该任务只有杰尼能完成。进入空间站后，必须马上穿过过道，到控制室将重力系统重新启动。行动要快，因为这里有时间限制。打开重力系统后，回到出发地，打开旁边的舱门，进入后不要与怪物过多纠缠，争取时间修复舱内的动力系统，这里同样有时间限制。需要注意，有些舱门被树藤缠绕住，所以十分隐蔽，要特别留心观察。由于体力消耗过多，苏和本将疲劳不堪的杰尼换回后，两人继续搜索整个空间站，发现记录空间站信息的黑匣被一树型怪物占据着。将其搞定后，场景切换至瑞德那边。瑞德进入空间站的任务就是启动其自爆程序。因为空间站以被怪物们整个占据，想要启动自爆程序，必须先解除周围的保护程序，这些解除程序都在走廊旁边3个的控制室内，多跑几次就能完成任务。
最终章 追捕DOOM
从宇宙返回地面后，由军方提供的消息得知，之前所发生的一系列事件都与一个名叫DOOM的人有关，而这人正是神奇四侠的死对头——DOOM博士。
1.门前小屋
这部分的任务由本和杰尼共同去完成。来到DOOM的老巢，两人还未展开调查，门前就以出现许多机器人。将它们全部干掉后就可以进入屋内。
2.大厅的电子炮
两人进入大厅后发现中了埋伏，大批机器人纷纷出现在大厅，并将两人包围。大厅内还有一门电子炮，显然这是杀死那些机器人的关键。从一个机器人手里抢过电子炮，上前启动它，不用花费多少时间，大批的机器人就以死在炮口之下。之后本抑止不住内心的冲动，决定孤身前去找DOOM算帐，而这正好中了DOOM的圈套。
3.遥控机器人
这时苏和瑞德已经潜入大楼内部，并与机器人展开了战斗。虽然在路过阳台时，被直升机袭击，不过二人还时顺利来到阳台另一端的房间。但是这个房间内有很多忍者机器人，这种机器人身手敏捷且攻击力超强，是比较难对付的角色。这个房间内还有一个遥控机器人，其杀伤力只能用恐怖来形容。能否成功驾驶它，将是通过本关的关键。
4.新仇旧怨
消灭掉忍者机器人后，杰尼正好赶来回合，并将本的事情告诉了苏和瑞德。三人决定先找到DOOM，而不去寻找本。来到天台后，最终BOSS——DOOM出现，三人合力将其击败后，准备上前查看DOOM是否活着时，又中了DOOM的诡计！原来它刚刚时假装被打败，故意保存实力，结果三人同时被打翻在地。
5.归来
当本醒来后发现，自己已经变回原来的模样，并且不再拥有超能力。他知道这一切肯定是DOOM搞的鬼，但是由于没有了超能力，本对付普通的机器人都很吃力，所以要多借助于道具来杀死那些机器人。千辛万苦终于找到了能力恢复器，本现在又成为了大力侠。
6.生死之战
正当DOOM要杀瑞德、苏和杰尼时，本突然出现。愤怒的他说要亲手将DOOM杀死，二人随即一对一开始单挑。但是本的能力比之DOOM还是差出许多，二人从楼顶一直打到大街上。奇迹出现了！刚刚被DOOM打倒的瑞德、苏和杰尼已经恢复过来，这时四人联手开始对付DOOM，并最终靠四人之间巧妙地配合将DOOM打败。最后的决战有很多组合式的打击，需要玩家去亲自操作，光靠硬拼不能获得胜利。