1、板块不同：上证只有主板与B股，深证有深证成指、中小板指数、创业板指数、深证100指数和深证300指数。
2、新股申购基数单位不同。上证每1000股为一个基数单位，深证每500股是一个基数单位。
3、B股标价不同。上证以美元竞价，深证以港币竞价。
4、上证采用指定交易，深证采用自动托管，随处通买。
5、构成指数不同。上证指数是把在上证上市的所有股票加权平均得出来的指数；深证指是深证按标准选出来的500家具有代表性的上市公司作为成分股，用成分股的可流通数作为权数，以加权平均法计算得出。所有深成指的算法更像美国道琼斯工业指数。
6、股票代码不同。上证主板是601、602、603打头，深证主板是000开头，创业板是300开头的。