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宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的科研成果和技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
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科研经验
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宏基因组分析
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Linux与Shell
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R统计绘图
R语言基础系列：
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<-和等号=的区别吗？ - 使用dplyr进行数据操作30例
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- 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）
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- 4向量、矩阵的数学运算
- 5控制结构
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- 7认识循环函数lapply和sapply
- 8分解数据框split和查看对象str
- 9模拟—随机数、抽样、线性模型
ggplot2绘图基础系列：
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- 2图层的使用—基础、加标签、注释
- 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
- 4语法基础
- 5通过图层构建图像
- 6标度、轴和图例
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- 8主题设置、存储导出
- 9绘图需要的数据整理技术
- 创建属于自己的调色板
高级统计绘图：
- 28个实用绘图包，总有几个适合你
- 热图绘制
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- 绘图相关系数矩阵corrplot
- 相关矩阵可视化ggcorrplot
- 绘制交互式图形recharts
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- LDA分析、作图及添加置信-ggord
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- 添加P值或显著性标记ggpubr
- Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
- 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化
- 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
- 桑基图riverplot
- 微生物环境因子分析ggvegan
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- 多元回归树分析mvpart
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- R语言搭建炫酷的线上博客系统
实验设计与技术
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基础知识
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一作解读
一作解读专栏，由论文第一，或共同第一作者，来亲自讲述文章结果和背后的故事。
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- PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身
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- SCLS：水稻微生物组时间序列分析
- 中国微生物组计划—农作物微生物组
- 应用生态学报：东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较
文献精读
精读主要是指全文翻译，一字不落的阅读，通常字数过万
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- Nature：皮肤微生物群-宿主相互作用
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- NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态
- NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
- NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态
- NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
- NRM：多年冻土的微生物组
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- PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌
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- Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控
综述泛读
- Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
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高分文章套路解读
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- Nature：根系菌群参与磷胁迫和免疫的平衡
- Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
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- Nature：人类肠道微生物组的肠型
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- Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
- Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
- Nature：乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征
- Nature：人工甜味剂改变小鼠肠道菌群组成及功能
- Nature：土壤细菌具有多种合成次级代谢物的基因
- Nature: 海洋病毒对环境基因组和潜在的生物地球化学影响
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- Nature：全球表层土微生物组群落结构和功能
- Nature-2018-抗菌药物组合有望特异性治疗耐多药性的细菌感染
- Nat. Genet.：微生物如何适应植物的？ 评论 正文
- NBT: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
- NM: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
- NC.：降低微生物群落复杂度突破组装难题
- NC：宏基因组学提示曙古菌门的代谢和进化(中大李文均组)
- NM：植物根系分泌物影响菌群结构
- NM：丰度决定了细菌在复杂群落中的功能作用
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- GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
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- Microbiome：植物根际微生物组也有昼夜节律
- Microbiome: 简单套路发高分文章–杨树微生物组
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- PBio-2018：如何设计可预测植物表型的微生物组
- npjsba-2018-用肠道微生物模型指导个性化膳食缓解局部性肠炎
- SBB：长期施肥影响土壤固氮菌的群落装配过程
科普视频-寓教于乐
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- 走进科学：枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加
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科普图文
原创
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态昌基因
- 皮肤共生菌可以促进伤口愈合
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- 脂肪肝，应该拿你怎么办
热心肠先生说
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- 饮食、生物钟、肠道菌群的“三角恋”
漫画科普
- 漫画详解：厌氧君和好氧君，谁才是明日之子？
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其它
- Nature: 你的肠道菌群是遗传自你父母还是后天
- Cell: 为了PK抗生素而服用益生菌？后果竟然如此严重
写在后面
为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外2600+科研人员加入。参与讨论，获得专业指导、问题解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
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- Gut: 妊娠期糖尿病与孕妇及其新生儿微生物菌群失调有关（赵方庆作品）
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